Esta vez nuestros amigos embarcan en un inmenso y peculiar barco con la finalidad de conocer de cerca los misterios del mar y en busca de grandes tesoros. Lo que nadie imagina es que una distorsión en la línea del espacio-tiempo los conducirá hasta el siglo XVII, en medio de una gran tormenta que les hace naufragar y donde Doraemon pierde su bolsillo mágico. Por fortuna, un barco pirata que navega cerca acude en su ayuda y logra rescatar a nuestros amigos, excepto a Nobita, que flota a la deriva hasta una Isla lejana la Isla Tomoe.Cuando el barco atraca en la Isla de Tomoe, encuentran a Nobita y a Jack que les dice que su padre y toda la tripulación desapareció en la montaña. Cuando logran llegar hasta donde está la tripulación del capitán Corto, encuentran una base secreta dirigida por el Malvado Cassh y el Doctor Crone, dedicada a la fabricación de animales híbridos, monstruos marinos que venden a contrabandistas para atemorizar a pueblos enteros.No hay tiempo que perder, nuestros amigos deben detener la fabricación de esos malévolos monstruos marinos y buscar la forma de que las ´patrullas del tiempo´ descubran la Isla y capturen a Cassh y Crone una misión nada fácil que tendrá que liderar Doraemon sin su bolsillo mágico. ¿Conseguirán Doraemon y sus amigos la misión??