La historia de Samus continúa tras los acontecimientos de Metroid Fusion cuando aterriza en el planeta ZDR para investigar una misteriosa transmisión enviada a la Federación Galáctica. Este planeta remoto está totalmente dominado por agresivas formas de vida alienígena y seres mecánicos aterradores. Samus es más ágil que nunca, pero ¿logrará escapar de las garras de la amenaza inhumana que merodea por las profundidades de ZDR?