La historia comienza con un Shrek un poco deprimido que echa de menos lo que era ser un verdadero ogro, por lo que el malvado Rumpelstiltskin le ofrece vivir en un Muy Muy Lejano alternativo. Engañado, Shrek acepta, sin saber que en este mundo paralelo los ogros son perseguidos y Fiona y él nunca se han conocido. La misión de Shrek será volver a su mundo, recuperar a sus amigos y el amor de Fiona.