Tron: Evolution sirve como precuela de la película Tron: Legacy y secuela de la novela gráfica Tron: Betrayal. Está diseñado para ser una parte integral de la historia de Tron, desde ciertos caracteres y la configuración de ambas películas. Tron: Evolution explica los acontecimientos que condujeron al encarcelamiento de Kevin Flynn dentro de la red, así como contar cómo la Red ha evolucionado a través de los años. El jugador controla a un programa llamado Anon (abreviatura de anónimos), un programa de seguridad escrito por Flynn para investigar una conspiración en el mundo de Tron.